За участь у повстанні Павлюка, в 1638 р Хмельницький був понижений з писаря до сотника.
Приблизно у той же час у Хмельницького виник конфлікт із чигиринським старостою Данилом Чаплинським Весною 1647 р за його наказом був зруйнований маєток у Суботові, викрадені худоба, хлібні запаси, був побитий до напівсмерті його син і вивезена жінка, з якою Хмельницький жив після смерті першої дружини. Самого Хмельницького від смерті врятувало заступництво Івана Барабаша, який був наказним гетьманом козаків реєстровців.Втративши надію на схильне до нього рішення у питанні щодо слободи Суботів, 54 річний Богдан Хмельницький із загоном близько 400 козаків і сином Тимішем вирушив у Запоріжжя, де розбив польський гарнізон на острові Базавлук, захопив Микитинську Січ , де 25. 01. 1648 р був обраний гетьманом. З початком повстання Данило Чаплинський виїхав з Чигирина, залишивши свою жінку, через яку у нього був конфлікт з Хмельницьким. Хмельницький одружився на Гелені Чаплинській в 1649 р. Їх шлюб був схвалений єрусалимським патріархом Паїсієм незважаючи на те, що Чаплинська не була розлучена. Через два роки син Хмельницького Тиміш повісив мачуху голою на брамі садиби, звинувативши у подружній зраді і розтраті козацької казни. Сам Чаплинський брав участь у Берестецькій і Жванецькій битвах, залишився цілим після погрому біля Батога, в 1653 р був обраний до Люблінського коронного трибуналу.